Mafuyu Oribe y Tomo Yamanobe son dos primas que viven en la escuela Ortodoxa Oriental Saint Mihailov, Tomo además es hija del anterior decano, desaparecido en extrañas circunstancias. Las dos son las únicas que parecen llevarse bien, ya que sufren el constante acoso de sus compañeros de clase, especialmente por la hija del nuevo rector.
Un día aparece en sus vidas Alexander “Sasha” Nikolaevich, un joven de pelo plateado de origen ruso que cambiará su existencia para siempre. Después de varios malentendidos y de un encuentro de lo más peculiar, acaba por rescatar a Mafuyu cuando intentaba rescatar los cuadros de su tío mientras la iglesia de la escuela ardía, revelándose como un Qwaser de Hierro.
Sin saber como ni por qué, Mafuyu se encuentra dentro de una feroz batalla de fuerzas ocultas por conseguir la pintura Theotokos de Tsarytsin (Madre de Dios de Tsaytsin) que representa a la Virgen María amamantando al Niño Jesús y que mas allá de ser una simple obra de arte esconde un gran secreto que no ha de ser desvelado. En la batalla por esta obra descubrimos que Sasha es un Qwaser, un ser humano poseedor de poderes sobrenaturales que lo hacen capaz de manipular un elemento químico. Los Qwaser se dicen descendientes de Hermes Trismegisto, un personaje mítico al que se le relaciona con el dios egipcio Lot y al dios heleno Hermes. Sin tener constancia de su existencia verídica, las religiones ocultistas lo consideran uno de los primeros alquimistas. Y para su desgracia, Mafuyu, se convierte en su María, una mujer virgen que les proporciona Soma (Santa Leche) a los Qwaser para aumentar sus poderes, además, esconde el poderoso hechizo que una vez fue encerrado en un Huevo de Fabergé , La Espada de Maria que no se sabe el por qué ha llegado a ella. El punto peliagudo, es que el Qwaser solo puede obtener el Soma amamantándose de los pechos de su María, una situación un poco rocambolesca y vergonzosa.
La batalla por la obra de arte está compuesta por dos bandos, los Athos, una organización secreta de espionaje de la Iglesia Ortodoxa Oriental que vela por mantener el secreto del cuadro y encontrar a los componentes de los Circuitos Elementales, y los Adeptos, una secta que está compuesta por trece Qwasers y que desea el poder del cuadro y de los Circuitos elementales para su propio bien. Sasha en su día fue miembro también, antes de ser herido y desterrado por el Qwaser de Oro que lo dejó marcado con una peculiar cicatriz.
Seikon no Qwaser, o traducido El Estigma del Qwaser, comenzó a publicarse en la revista Champion Red de la editorial Akita Shoten desde 2009. Guionizada por Hiroyuki Yoshino e ilustrada por Kenetsu Sato, ha alcanzado cierto éxito, siendo publicado en varios países fuera de su Japón natal, acrecentando su fama gracias a una serie de animación de dos temporadas, la primera con 24 capítulos con la particularidad de tener dos versiones, la normal, y la directora´s cut, una versión que cuenta con todas las escenas y diálogos censurados en su primer pase. La segunda temporada consto de 12 capítulos. Además tiene un Ova: Seikon no Qwaser, El retrato de la Emperatriz basado en uno de sus personajes.
En España, la editorial Ivrea es la que nos está trayendo esta obra cargada de lucha, comedia y ciertos toques picantes de los que lleva 13 volúmenes publicados de los 19 que han visto la luz en su país de origen, aunque el autor reconoce que esta entrando en su arco final.